楽天にせよ、ヤフーショッピングにせよ、ショッピングモールの場合には、独自ドメインによるホームページの場合と致命的な違いがあります。
それは、ショッピングモールサイトの中では集客可能性があっても、外部（インターネット全体、検索市場）からの集客可能性が減ってしまうということです。
具体的にはGoogleやYahooで商品ジャンルや業種名などを検索しても楽天ショップやヤフーストアが出てくるのは稀です。（Yahooは広告として数個のヤフーストアが検索結果に表示されます）
つまり、検索エンジンからの集客という外部からのリーチを失ってしまっていることになります。このような現実的な現象については、各ショッピングモールとも親切に教えてくれることはありませんが、ECに勤しむあまり井の中のかわずになってしまっているのが現実としてあります。
独自のホームページと比べてショッピングモールのほうが良い点は、商品さえあれば、すぐにECとして販売を始められること、なんとなくネットを介した取引を体感できることくらいです。
ネット系コンサルタントの中には、ショッピングモールのほうが良いということを言う人もいるが、長期的視野でビジネスを見た場合にショッピングモールのほうが良い点はほとんどありません。
ショッピングモール出店のほうが売れる商品というのが存在することがありますが、それでもショッピングモールでのECメインで小さな会社が成長していけるかというと、これはまた別の観点からのリスク等もあり非常に難しいと言わざるをえません。
その最大の理由は、資産価値のあるあらゆるもの（顧客、信頼性、蓄積ノウハウ）がショッピングモールのものにはなっても、出店している会社のものにならないということです。
ショッピングモールでのECしか経験のない方にとっては正に信じたくない現実ですが、独自のホームページでビジネスをはじめ、数年たてばこの意味を体感できます。
キャッシュを生んでいるからシフトできないなどの場合もありますが、ホームページを作ったりビジネスを立ち上げていくことは知識さえ得れば誰もが同じように可能です。
ショッピングモールでのECショップを走らせながら独自ホームページを立ち上げていくのも一つです。また、独自ホームページで運営しはじめると、誰もが気づくことがあります。
「何となく体感」と表現しましたが、これは全くこのとおりで、ショッピングモールでうまくいく方法であっても独自ホームページで役立つことはほとんどないという厳然たる事実です。そして、「同じ集客コスト（広告等）がかかるなら独自ホームページに集客するほうが良い」「苦労は多いが経験知が蓄積されることに実感がある」という実感を持つに至ります。
つまり、経済合理性もさることながら、継続的なビジネスの成長を目指すのであれば、失敗をするにしても、試行錯誤の末に経験知の蓄積される独自ホームページのビジネス活用のほうが以後の力になるということです。
尚、恐縮ながら、独自ホームページのほうが簡単、だとか、独自ホームページのほうがうまくいくということではありません。判断するのは当人になりますが、こうしたネガティブな展望についても向き合うということが、インターネットでのビジネスやホームページの商用活用という現実について向き合うということです。
